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默认引导入口是引导菜单超时时间到达时，boot loader选择的入口。可以通过修改默认引导入口来使得首选的系统配置能够自动被加载。
在Windows Server 2003或者更早的基于NT内核的Windows中，可以使用Bootcfg或者记事本直接编辑Boot.ini文件来修改默认引导入口。在EFI NVRAM机器上修改，可以使用Bootcfg或者Nvrboot。在所有平台上，Bootcfg都能够提供最简单、安全的指定默认入口的方法。
在Windows Vista或更新版本的Windows中，使用BCDEdit来修改默认引导入口。
Bootcfg在所有系统上都提供了最简单的方法来修改默认引导入口。但是Bootcfg在不同系统上显示的信息有少许差异。
在两种类型的系统上修改默认引导入口，使用Bootcfg /default 命令。下面的命令将第二个引导入口(行号为2)设置为默认。
Bootcfg /default 命令的作用在不同种类机器上有少许差异。BIOS固件的系统上，/default 选项修改掉Boot.ini文件中的default 参数，为了将选定的引导入口设置为默认，可能重新对引导入口进行排序。在EFI固件的系统上，Bootcfg /default 命令修改掉引导顺序。使得选定的引导入口出现在Bootcfg的Boot Entries 节第一个。
关于Bootcfg的完整操作指令，查看帮助和支持服务。示例查看使用引导参数。
注意 Bootcfg中的Boot entry ID 字段和Nvrboot中的引导入口号并不是EFI引导入口ID。Bootcfg和Nvrboot中的ID只反映了在Boot Entries 节中所排的行号，并且重新排序入口的时候就会改变。
修改默认引导入口之前，必须识别当前的默认引导入口。下面两个Boot.ini中的成员决定了哪个引导入口是默认的：
默认引导入口是 [operating systems]节中的默认操作系统的第一个引导入口。
例如，下面的示例Boot.ini文件有两个Windows 2000入口和两个Windows XP入口。default 参数指定了磁盘0、分区1中的WINNT目录中的Windows 2000操作系统。默认引导入口名为"Microsoft Windows 2000 Professional，在下面以粗体显示。这是[operating systems] 节中用于引导Windows 2000(在磁盘0，分区1的WINNT目录下的操作系统)的第一个入口。
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(3)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(3)\WINDOWS="Windows XP Debug" /fastdetect /debug /debugport=COM1 /baudrate=19200
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows 2000 Professional" /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows 2000 Debug" /fastdetect /debug /debugport=COM1 /baudrate=19200
按如下步骤修改默认引导入口。
修改默认引导入口下面的例子说明了修改的结果。在这个修改的Boot.ini文件中，Windows XP是默认操作系统，并且“Windows XP Debug”是默认引导入口。
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(3)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows 2000 Debug" /fastdetect /debug /debugport=COM1 /baudrate=19200
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows 2000 Professional" /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(3)\WINDOWS="Windows XP Debug" /fastdetect /debug /debugport=COM1 /baudrate=19200
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(3)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" /fastdetect
在以EFI NVRAM存储引导选项的系统上，可以使用nvrboot p (push)命令。它将一个引导入口放到所有入口列表的顶部，使得它成为Boot Entries 节中第一个入口。
和Bootcfg一样，nvrboot p 命令重新排序BootOrder 数组中的值，使得指定的引导入口的NVRAM引导ID是这个数组中第一个值。
在Windows Vista中，可以用/default 选项指定默认入口。指定默认操作系统的语法如下：
<ID> 是想要设置成默认的操作系统的GUID。必须在GUID两端加上大括号({})，例如：
在多引导机器上要将默认入口修改为早期版本操作系统加载器，可以将<ID> 设置为{ntldr}，既为Ntldr保留的GUID名。这样可能会再出现另外一个依赖于Boot.ini文件的菜单。